Grégoire Pasquier cartographie les données du parasite de la leishmaniose avec Cartes & Données Online
Grégoire Pasquier est assistant hospitalo-universitaire au Laboratoire de parasito-mycologie de CHRU de Montpellier. C’est là que se situe le Centre National de Référence des Leishmanioses (CNR-L), maladies parasitaires qui causent des lésions cutanées ou viscérales sévères. Ces maladies sont transmises par des piqûres de phlébotomes (insectes) et sont notamment présentes dans le sud de la France métropolitaine et dans les zones tropicales.
Le CNR-L a pour objectifs de surveiller les cas de leishmaniose en France métropolitaine, en Guyane et dans les Antilles, d’apporter de l’aide aux médecins (conseils, diagnostic), et une expertise pour l’identification des différentes souches parasitaires à partir d’échantillons biologiques.
La leishmaniose et sa provenance en cartes
Grégoire Pasquier a fait sa thèse sur les données transmises par les hôpitaux sur les cas recensés de leishmaniose. Les hôpitaux ont en effet la possibilité de remplir une déclaration facultative des cas, en précisant des informations telles que le type de lésion, l’âge des patients, le lieu de contagion… Grégoire Pasquier a ainsi exploité une vingtaine d’années de données, et publie maintenant un article dans la revue PLOS neglected tropical diseases.
Pour les besoins de cet article, il a réalisé avec Cartes & Données Online des cartes représentant les données localisées dont il disposait : provenance des cas de leishmaniose, répartition des espèces de leishmaniose décelées selon les lieux de transmission, cas déclarés et incidence par département… Voici quelques exemples de cartes :
Répartition des cas de leishmaniose signalés au sud-est de la France métropolitaine par département de 1998 à 2020
Origine géographique des cas de leishmaniose importée en France métropolitaine, Guyane et Antilles de 1998 à 2020
Répartition des espèces de leishmaniose d’après le lieu de contamination de 1998 à 2020
« La carte permet de voir simplement quand le parasite est autochtone, ou quand il est importé, et dans ce cas-là, depuis quel pays. »
Cartes & Données Online et GeoCampus d’après Grégoire Pasquier
Grégoire Pasquier a bénéficié du programme GeoCampus d’Articque, qui permet aux enseignants et aux étudiants d’obtenir des licences d’accès gratuites à Cartes & Données Online.
Les nombreux modules de Cartes & Données Online lui ont permis de réaliser des analyses cartographiques variées :
- Provenance du parasite à travers des cartes de flux,
- Cas de leishmaniose déclarés selon les départements,
- Typologie de la leishmaniose avec des graphiques en secteurs (camemberts),
- …
« Je cherchais à faire des cartes, car je travaillais sur des données localisées comme des lieux de contamination, la localisation des hôpitaux où étaient faits les diagnostics… J’avais besoin d’un outil assez simple à prendre en main, mais qui proposait de nombreuses fonctionnalités. Cartes & Données Online a représenté pour moi un compromis parfait entre des solutions trop complexes et des outils simples avec des représentations limitées. J’ai pu prendre en main la solution seul, en utilisant les ressources mises à disposition par Articque (tutoriels…). »
